默认情况下Aegisub每隔固定的时间就会自动保存一份当前正在编辑的字幕文件的备份(如果在这几分钟内有更改文件内容)。这些自动保存的文件可以在 %APPDATA%\Aegisub\autosave (Windows系统)目录下找到； ；~/.aegisub/autosave 目录下找到(Linux系统)；/Library/Application Support/Aegisub/autosave在(OS X系统)。另外地，这些文件可以从Aegisub的 文件→ 打开自动保存的字幕 项中打开。
Aegisub会自动清除autosave文件夹下旧的文件，所以自动备份不应该被用做长期存储文件的方式。